据黄健中导演透露，播出版本的《大秦帝国》是48集而非51集。“48集是根据审片小组的意见(修改的)。现在社会上流传着两个版本。一个完全版本，51集；一个是修改版本，48集。48集剪掉了哪些呢？第一剪掉了墨家。因为他们说这个戏有点把墨家变成侠客了。还有当时(诸子百家)辩论的戏，有一点否定了孟子的(思想)，把那些都拿掉了。”(这段戏是诸子百家聚在一起辩论的场景，当时法家代表人物申不害、商鞅等人批驳孟子学说，商鞅大出风头)。

对此黄健中表示在百家争鸣的时候，孟子在辩论场合被批判是个很客观的现象。“但是上面提出的问题，你不改人家就不给你通过。”其实在整个创作过程中，黄健中表示他一直不会改孙皓晖写的台词，“因为(他有)他的语言结构，他对历史的研究。我有一种对作家的尊重。作家只要对历史背景不违背，个人对人物的一种塑造，我认为是允许的。”关于百家争鸣的辩论被剪掉，黄健中很无奈地说：“我觉得这个东西，在一个历史时期他必然要矫枉过正，你不能对矫枉过正斤斤计较。”

剧情：秦献公身死战场，年纪轻轻的仲公子渠梁（侯勇 饰）在危难时刻即位，他深藏屈辱，在六国夹攻下苟延残喘，发誓变法崛起。

秦孝公渠梁广招天下贤能之士，天不亡秦，曾在魏国并不得志的卫鞅（王志飞 饰）辗转来到秦国，并凭借一身才学和对天下局势的清醒认识而得到秦孝公重用。

卫鞅在秦国掀起了影响深远且饱受争议的变法，一代强秦由此崛起……

讲的是秦孝公继位后，励精图治，启用商鞅变法，带领秦国由弱转强