战斗背后的日常生活与陆续业袭的使徒展开决战的。而使徒来袭之前都可以在第3新东京市里渡过日常生活。

在做为故事舞台的第3新东京市里四处移动与人物对话并进行训练，可以一边让真嗣成长，一边准备应付使徒的来袭。

在《新剧场版：序》的高潮部分就是“屋久岛作战”，也会变形成完全形式的使徒将也完全重现，玩家可以手动对准目标，发射最后一枚子弹，连紧张感都相当真实！

新世纪福音战士序与动画TV版1至6话相对应，以“屋岛作战”为高潮结局。在这个作战计划中，主角真嗣与绫波丽之间类似爱情的感情种子出现萌芽。

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突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。

本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。

世界的命运托付在了一位年仅14岁的少年身上，而“第二次冲击”所隐藏的“人类补完计划”似乎也开始了行动。掌握一切答案的碇元渡，却只是不动生色地观察，仿佛一切早已写入剧本。